En muchos casos no se puede encontrar la causa. Las lesiones cerebrales que causan convulsiones pueden ser imposibles de detectar, especialmente las que ocurren en el útero o las relacionados con daños microscópicos. Por ejemplo, los trastornos convulsivos en la infancia pueden ser consecuencia de una infección viral de la madre durante el embarazo que no se puede detectar con las pruebas actuales, aunque casi todas las mujeres embarazadas que tienen infecciones virales leves tienen bebés perfectamente sanos.

De vez en cuando se dan grandes convulsiones en recién nacidos y lactantes causadas ​​por una deficiencia de vitamina B6 (piridoxina). Es importante reconocer esta deficiencia, ya que es una causa tratable de convulsiones.