El tratamiento de la amenorrea depende de la causa. La amenorrea primaria a menudo no requiere tratamiento, pero siempre es importante descubrir la causa del problema.

Si el problema es un desequilibrio hormonal, dosis de progesterona una o dos semanas al mes puede corregir el problema. Para el síndrome de ovario poliquístico por lo general se prescriben píldoras anticonceptivas.

Si hay un tumor en la pituitaria se trata con bromocriptina, un medicamento que reduce ciertas secreciones hormonales (prolactina). La pérdida de peso puede devolver los períodos a una mujer obesa. Una mayor moderación en el ejercicio excesivo y comer una dieta adecuada puede también devolver los períodos en atletas adolescentes. En casos muy raros puede ser necesaria la cirugía para mujeres con quistes de ovario o de útero.