La sucesión de estos microalertamientos (al menos tantos como apneas) hace que el sueño resulte fragmentado. La persona que padece de apnea suele despertarse con la sensación de no haber descansado, aun cuando no recuerda haberse despertado.

También es común el dolor de cabeza al despertar (que mejora al cabo de unas horas) así como sequedad de boca.

A lo largo del día se siente cansancio y se padece de somnolencia en situaciones sedentarias. En este sentido, es característica la existencia de un aumento del riesgo de accidentes de tráfico (hasta siete veces superior al de la población normal) y de accidentes laborales.

Entre las consecuencias neuropsiquiátricas de la apnea también se encuentran cambios en el estado de ánimo como son la irritabilidad, la depresión, alteraciones en el rendimiento, o pérdidas de la capacidad de concentración y de memoria.

Cuando la apnea es severa, al margen de los problemas descritos, se produce un aumento del riesgo de enfermedades como la hipertensión arterial (más del 40% de los pacientes con apnea sufren de hipertensión), o incluso la hipertensión pulmonar.

Asimismo, existe un riesgo incrementado de cardiopatía isquémica (angina de pecho, e incluso infartos) y de accidentes cerebrovasculares. De no seguirse un tratamiento, se produce a lo largo de los años un cierto incremento de las cifras de mortalidad.

En cualquier caso, y hablando en términos epidemiológicos, al contrario de lo que creen la mayoría de las personas, el mayor riesgo de la apnea del sueño no estriba en la muerte súbita nocturna, fenómeno extremadamente raro y de dudosa atribución como tal a la apnea obstructiva.

El mayor problema para la salud proviene del hecho de que la apnea actúa de manera análoga a otros factores como, por ejemplo, el colesterol, incrementando el riesgo cardiovascular. Es decir, actúa a medio o largo plazo.