La aparición de las apneas se debe a la existencia de un colapso total o casi total (se habla entonces de hipopneas) en el interior de la faringe.

Si durante el ronquido se produce un estrechamiento del calibre que produce una vibración sonora al pasar el aire, durante la apnea se produce un cierre que impide por completo el paso del aire.

Las apneas suponen un cese transitorio de la respiración y no deben confundirse con la parada cardiorrespiratoria, ya que durante las apneas el corazón continúa latiendo, aunque con pequeñas alteraciones, como veremos más adelante.

Al cesar la respiración, con frecuencia se produce una caída transitoria en los niveles de oxígeno de la sangre. Si las apneas son muy frecuentes, la persona afectada permanecerá buena parte de la noche con concentraciones de oxígeno en sangre bajas.

Una de las consecuencias más notorias de la apnea es la fragmentación del sueño. Cada vez que se produce una apnea, esta finaliza con un microalertamiento, es decir, con una alerta de escasos segundos de duración, inferior al tiempo necesario para que por la mañana lo recordemos.