Los científicos todavía están estudiando las causas de las enfermedades de pigmentación de la piel. En algunos casos hay causas evidentes, como la exposición al sol, reacción a medicamentos o herencia genética.

El albinismo es un rasgo hereditario recesivo. Tiene muchas formas, pero la mayoría se caracterizan por la palidez de la cara, el pelo y los. La melanina también crea el color de ojos y actúa de filtro para evitar exceso de luz  en el ojo. Al carecer de melanina en los ojos, muchos albinos tienen discapacidad visual, se queman fácilmente y son más propensos al cáncer de piel.

A veces, las manchas asociadas al vitíligo se forman cuando al cortarse o hacerse una herida una persona. Se ha demostrado que las manchas asociadas al vitíligo no contienen melanocitos (células de la piel que generan melanina). Algunos científicos creen que el vitíligo puede ser producido por un trastorno autoinmune y se ha relacionado con enfermedades como el hipertiroidismo y la enfermedad de Addison, que afecta a la glándula suprarrenal.

La hiperpigmentación puede ser producida por muchos factores, desde tomar el sol demasiado a reacciones a medicación o una mala alimentación. Las personas con liquen crónico simple desarrollan un síndrome psicológico que genera una necesidad compulsiva a rascarse creando una capa de piel oscura y correosa que, si nos e trata, puede producir cicatrices permanentes e infección. Los científicos creen que la ictiosis laminar es genética.

La máscara originada por el melasma puede estar relacionada con las hormonas del embarazo y por lo general desaparece al da a luz. Los lunares las manchas en la piel de nacimiento o por envejecimiento son generalmente inofensivos. Algunos lunares, sin embargo, pueden cambiar tamaño, color, textura o empezar a sangrar, lo que podría indicar un posible cáncer de piel.