Las micosis superficiales generalmente se tratan con cremas o aerosoles como tolnaftato, nitrato de clotrimazol, miconazol, econazol, ciclopirox, ketoconazol, naftifina, itraconazol, terbinafina, fluconazol, o con tintura de Whitfield compuesta de ácido salicílico y ácido benzoico.

Si la infección persiste, el médico puede prescribir un medicamento antimicótico oral como ketoconazol o griseofulvina.

Los fármacos utilizados para lasmicosis sistémicas son la anfotericina B, que es altamente tóxica y se utiliza para infecciones graves o potencialmente mortales, azoles, fluconazol e itraconazol en particular, del que se ha descubierto que es el menos tóxico de estos medicamentos, y flucitosina, sola o en combinación con otros medicamentos antimicóticos.

Las micosis que se inflaman pueden ser tratadas con una combinación de hongos/esteroides. Ciertas infecciones pueden requerir cirugía.