La abstinencia total es la única forma infalible de evitar condilomas y otras enfermedades de transmisión sexual. También se  pueden evitar estas enfermedades teniendo relaciones sexuales monógamas con una pareja sin enfermedades.

La piel cercana a los condilomas y alrededor de los genitales, el ano y otras zonas puede contagiar el virus de una persona a otra. Por lo tanto, los condones masculinos y femeninos no  ofrecen protección. Sin embargo, aun así, deben utilizarse ya que se reducen las probabilidades de contraer o propagar enfermedades de transmisión sexual. Estas precauciones se deben tomar siempre. El VPH puede transmitirse de persona a persona, aun cuando no haya condilomas visibles u otros síntomas.

Una nueva vacuna, llamada Gardasil, previene la infección contra cuatro de las cepas de VPH responsables de la mayoría de los condilomas y de cáncer cervical en la mujer. La vacuna se administra como una serie de tres inyecciones. Se recomienda en niñas y mujeres de 9 a 26 años.