El pronóstico de la leishmaniasis es muy variable y depende de la cepa específica de la infección por protozoos, así como de la respuesta individual del sistema inmune del paciente  a la infección.

La leishmaniasis cutánea localizada puede no requerir tratamiento. A pesar de que pueden tardar muchos meses, estas lesiones suelen curarse por completo y sólo en raras ocasiones no cicatrizan y se vuelven más destructivas.

La leishmaniasis cutánea difusa puede escocer durante años sin tratamiento, causando en última instancia la muerte cuando las lesiones grandes y abiertas se infectan con bacterias.

La leishmaniasis mucocutánea es relativamente resistente al tratamiento.

Si no se trata la leishmaniasis visceral tiene un índice de mortalidad del 90%, pero con tratamiento, el índice de mortalidad es del 10%.