El diagnóstico para cada uno de los tipos de leishmaniasis consiste en conseguir una muestra de la lesión mediante un raspado, prepararla en un laboratorio y examinarla bajo el microscopio para encontrar el protozoo causante. Otros métodos que se han utilizado incluyen el cultivo de un trozo de la muestra de tejido en el laboratorio para permitir que los protozoos se multiplican para facilitar la identificación microscópica o la inyección de una solución hecha de raspado de la lesión de un paciente en un ratón o hámster, para ver si el animal desarrolla una enfermedad parecida a la leishmaniasis y que demuestre la presencia en los macrófagos de  características parecidas al protozoo, denominadas cuerpos de Leishman-Donovan.

En algunas formas de leishmaniasis, se puede realizar una prueba en la piel (similar a la de la tuberculosis). En esta prueba se inyecta o se raspa una solución que contiene un pequeño fragmento del antígeno protozoo (marcadores de células que causan que el sistema inmunológico reaccione)  en la piel de un paciente. En una reacción positiva, las células del sistema inmune correrán a esa zona, provocando una lesión cutánea característica. No todas las formas de la leishmaniasis producen una prueba cutánea positiva.