Las causas de la atelectasia en el recién nacido incluyen intentos insuficiente para respirar, obstrucción bronquial o ausencia de surfactante, una sustancia secretada por los alvéolos que mantiene la estabilidad del tejido pulmonar, reduciendo la tensión superficial de los líquidos que recubren el pulmón. Esta falta de surfactante reduce la superficie para un intercambio gaseoso eficaz, ocasionando un colapso si es grave.

La presión sobre el pulmón de líquido o de aire puede causar atelectasia, así como la obstrucción de las vías aéreas del pulmón por una mucosidad espesa como resultado de diversas infecciones y enfermedades pulmonares. Los tumores y objetos inhalados también pueden causar obstrucción de la vía aérea y producir atelectasia.

Cualquier persona sometida a cirugía abdominal o en el pecho con anestesia general, corre el riesgo de desarrollar atelectasia, ya que la respiración es a menudo poco profunda después de una cirugía para evitar el dolor de la incisión quirúrgica. Cualquier disminución significativa del flujo de aire a los alvéolos contribuye a una secreción común, que a su vez puede causar una infección. Las lesiones en el pecho que causan respiración poco profunda, incluyendo fractura de costillas, puede causar atelectasia.