Muchos agentes diferentes pueden causar abscesos. Los más comunes son las bacterias piógenas que producen pus como el estafilococo aureus, que es casi siempre la causa de abscesos bajo la piel.

Los abscesos suelen ser causadas por microorganismos que normalmente habitan en las estructuras cercanas o que las infectan, como los abscesos alrededor del ano que pueden ser causados por cualquiera de las numerosas bacterias del intestino grueso.

Los abscesos cerebrales y hepáticos son causadas por bacterias, amebas y hongos capaces de viajar hasta allí a través de la circulación.