La esofagitis suele producirse por el reflujo de fluido ácido desde el estómago hasta el esófago, una afección que se llama reflujo gastroesofágico. Un trastorno autoinmune llamado esofagitis eosinofílica también produce esta inflamación.

 Los siguientes factores incrementan el riesgo de esofagitis:

• Exceso de vómitos
• Medicamentos como aspirina, ibuprofeno, potasio, alendronato, tetraciclina y  doxiciclina
• Suplementos de vitamina C
• Cirugía o radiación en el pecho (por ejemplo, el tratamiento para el cáncer de pulmón)

Las personas con un sistema inmunitario débil debido al VIH y a ciertos medicamentos (como los corticosteroides), pueden desarrollar infecciones que llevan a esofagitis.

La infección esofágica puede deberse a hongos, Candida o virus como el herpes o el citomegalovirus.