Los síntomas de la encefalitis pueden durar varias semanas. La mayoría de los casos de encefalitis son leves y la recuperación suele ser rápida. La encefalitis leve por lo general no deja secuelas neurológicas. Generalmente, el 10% de los pacientes que mueren por encefalitis es a causa de infecciones o complicaciones como una infección secundaria. Algunas formas de encefalitis tienen cursos más graves, como la encefalitis herpética donde la mortalidad es del 15%-20% con el tratamiento y 70%-80% sin tratamiento.

En algunos casos hay consecuencias neurológicas permanentes tras la recuperación, como cambios de personalidad, pérdida de memoria, dificultades de lenguaje, convulsiones y parálisis parcial.