Puesto que la encefalitis se debe a una infección, se puede prevenir evitando la infección. Minimizar el contacto con otras personas que tienen alguna de las enfermedades virales antes mencionadas puede reducir las posibilidades de contraer la infección. La mayoría de las infecciones se propagan por contacto; lavarse frecuentemente las manos puede reducir las probabilidades de la infección si el contacto no se puede evitar.

Los virus transmitidos por mosquitos pueden evitarse con prevención de picaduras. Los mosquitos son más activos al amanecer y al anochecer y son más comunes en zonas húmedas con agua estancada.

Hay vacunas contra algunos virus, entre ellas la poliomielitis, el herpes B, la encefalitis japonesa y la encefalitis equina, así como la vacuna de la rabia para animales.