Generalmente la gastroenteritis viral es diagnosticada por un médico sobre la base de los síntomas y el examen médico del paciente. La infección por rotavirus puede ser diagnosticada mediante pruebas de laboratorio de una muestra de heces. Los exámenes para detectar otros virus que causan la gastroenteritis no se utilizan de forma rutinaria.

Lo más importante en el tratamiento de la gastroenteritis es prevenir la pérdida severa de líquidos (deshidratación). Este tratamiento debe comenzar en casa. El médico puede darle instrucciones específicas acerca de qué tipo de líquido debe consumir. Los medicamentos, incluyendo antibióticos (los cuales no tienen ningún efecto sobre los virus) y otros tratamientos, deberán ajustarse a las prescripciones realizadas por un médico.