Las medidas generales que se deben tomar en caso de gastroenteritis son: reposo relativo, en función del estado del paciente, fácil acceso al baño. Si los vómitos no son muy importantes, bebidas por boca, como té edulcorado, gaseosas o soluciones equilibradas de reposición electrolítica.

Si los síntomas son más graves, hidratación parenteral (en un hospital) con reposición de electrolitos. La dieta debe ser aumentada progresivamente, según la tolerancia, con cereales cocidos blandos, gelatina, consomés, pudines simples y huevos ligeramente cocidos.

Habitualmente, el único tratamiento necesario para la gastroenteritis viral es la ingestión de líquidos adecuados. Incluso una persona que esté vomitando debe tomar pequeños sorbos de líquido para corregir la deshidratación, lo que a su vez puede ayudar a que cesen los vómitos. 

Si éstos se prolongan o el individuo se deshidrata gravemente, puede ser necesario administrar los líquidos por vía intravenosa. Dado que los niños se deshidratan con mayor facilidad, ellos deben recibir líquidos con un balance apropiado de sales y azúcares. Cualquiera de las soluciones de rehidratación disponibles comercialmente es satisfactoria.

Sin embargo, no son apropiados para los niños con diarrea los líquidos que generalmente se administran, como las bebidas carbonatadas, el té, las bebidas consumidas por deportistas y los zumos de frutas. Si los vómitos son intensos, el médico puede administrar una inyección o prescribir supositorios.

A medida que los síntomas mejoran, el paciente puede añadir gradualmente a la dieta comidas blandas como cereales cocinados, plátanos, arroz, compota de manzana y pan tostado. Si la modificación de la dieta no corta la diarrea después de 12 a 24 horas y si no hay sangre en las heces que indique una infección bacteriana más importante, pueden administrarse fármacos específicos bajo prescripción médica.

Como los antibióticos pueden causar diarrea y favorecer el crecimiento de organismos resistentes a los mismos, raramente resulta apropiado su uso, aún en el caso de que una bacteria conocida esté produciendo la gastroenteritis.

Sin embargo, los antibióticos se pueden usar cuando los causantes son ciertas bacterias como el Campylobacter, la Shigella y el Vibrio colerae. En cualquier caso, el tratamiento será siempre prescrito por un médico.