Las complicaciones asociadas a padecer fimosis son muy diversas y van a variar en función de la gravedad de la enfermedad.

La fimosis se asocia con coitos dolorosos debido a la imposibilidad del prepucio de desplazarse sobre el glande y el pene. Asimismo se dificulta la higiene del pene lo que puede ocasionar una infección, ésta recibe el nombre de balanitis.

Una infección en el pene puede propagarse ascendiendo por la uretra y puede provocar infecciones en el tracto urinario.

Son usuales los problemas en la micción que pueden provocar una retención aguda de orina, haciendo necesario en algunos casos un sondaje vesical. Del mismo modo, la fimosis puede cursar con adherencia balanoprepuciales, provocando la unión entre el prepucio y el glande.

La parafimosis, descrita en apartados anteriores, puede producirse después de un traumatismo o de una lesión en el pene. En la parafimosis el prepucio queda atrapado detrás de la cresta de la cabeza del pene. Si esta situación se prolonga puede causar dolor e inflamación, y afectar el flujo de sangre al pene. En casos extremos, la falta de flujo sanguíneo puede dar lugar a la muerte del tejido por gangrena, perdiéndos el pene y siendo necesaria su amputación.