El diagnóstico es complicado, en parte porque la enfermedad puede afectar a varias áreas del cuerpo y puede variar desde no tener síntomas a tener síntomas incluso mortales. En la mayoría de los casos, el médico tendrá en cuenta el diagnóstico si el paciente presenta una combinación de síntomas, en particular diarrea y exposición en recientes viajes, contacto con personas infectadas o por coito anal.

Es esencial diferenciar la amebiasis de otra enfermedad inflamatoria intestinal con síntomas similares, por lo que el diagnóstico se debe confirmar con múltiples análisis de heces y de sangre, así como con una inspección visual de la pared intestinal con una sigmoidoscopia.

–        Análisis de heces fecales

Se examina microscópicamente una muestra de heces para detectar la presencia de quistes y/o trofozoítos de E. histolytica.

–        La sigmoidoscopia

La sigmoidoscopia se usa para examinar visualmente la parte inferior del intestino grueso para buscar úlceras amebianas y tomar muestras de tejido o líquido de la mucosa intestinal.

–        Análisis de sangre

El suero en sangre por lo general da positivo de anticuerpos a la semana del inicio de los síntomas. Un análisis de sangre no siempre puede distinguir entre una infección actual o pasada, ya que los anticuerpos pueden  detectarse en la sangre hasta 10 años después de la infección inicial.

–        Estudios de imagen

Técnicas  como la tomografía computarizada, resonancia magnética y ecografía se puede utilizar para determinar si un absceso hepático está presente.