La disentería amebiana asintomática o leve puede no requerir tratamiento. Sin embargo, debido a la posibilidad de contagio se trata generalmente con medicamentos para eliminar las amebas.

Los casos más graves son tratados mediante la sustitución de la pérdida de líquido y sangre. Los pacientes con un absceso hepático amebiano requieren hospitalización y reposo en cama.

Para los casos de amebiasis extraintestinal, el tratamiento puede ser complicado ya que se necesitan diferentes fármacos para eliminar el parásito, según la localización de la infección en el organismo.