Los fármacos utilizados para tratar la amibiasis, llamados amebicidas, se dividen en dos categorías:

–        Amebicidas luminales

Estos fármacos actúan sobre los organismos dentro de la cavidad interior (lumen) del intestino. Destacan: furoato de diloxanida, iodoquinol, metronidazol y paromomicina.

–        Amebicidas tisulares

Se utilizan para tratar infecciones en el hígado y otros tejidos del cuerpo, como la emetina, dehidroemetina, metronidazol, y la cloroquina.

Debido a que estos medicamentos tienen efectos secundarios potencialmente graves, los pacientes que reciben emetina o dehidroemetina requieren reposo en cama y seguimiento del corazón. La cloroquina es la droga más útil para el tratamiento de abscesos hepáticos amebianos. Los pacientes que toman metronidazol deben evitar el alcohol porque la combinación causa náuseas, vómitos y dolor de cabeza.

La mayoría de los pacientes reciben una combinación de amebicidas luminales y amebicidas tisulares durante un período 7-10 días. El seguimiento a partir de las 2-4 semanas del final del tratamiento con medicamentos incluye análisis periódicos de las heces para comprobar la eficacia de la terapia.