El pronóstico depende de la localización de la infección y la salud general del paciente antes de la infección. El pronóstico es generalmente es bueno, aunque el índice de mortalidad es mayor en pacientes con ameboma, perforación del intestino e infección del hígado. Los pacientes que desarrollan colitis fulminante tienen el pronóstico más grave, con más del 50% de mortalidad.