La enfermedad de Huntington es causada por un defecto genético en el cromosoma 4. El defecto hace que una parte del ADN, llamada repetición CAG, ocurra muchas veces más de lo normal. Generalmente, esta sección del ADN se repite de 10 a 35 veces. Pero en personas con enfermedad de Huntington, se repite de 36 a 120 veces.

Como el gen se transmite de una generación a la siguiente, el número de repeticiones (llamada expansión de la repetición CAG)  tiende a ser más grande. Cuanto mayor sea el número de repeticiones, mayor será la probabilidad de presentar síntomas a una edad más temprana.