La estomatitis se caracteriza por dolor o molestias en la boca y por la presencia de heridas abiertas o úlceras. La estomatitis herpética tiene los siguientes síntomas:

• Fiebre, a veces de 38.3ºC-40ºC, que puede preceder a la aparición de ampollas y úlceras por uno o dos días
• Irritabilidad e inquietud
• Ampollas en la boca, a menudo en la lengua o las mejillas o en el techo de la boca, que luego se abren y forman úlceras (suelen ser pequeña, blanco-grisáceas en el centro y rojas en los bordes
• Inflamación de las encías, que pueden irritarse y sangrar
• Dolor en la boca
• Babeo
• Dificultad para tragar
• Mal aliento

La estomatitis aftosa puede causar los siguientes síntomas:

• Ardor o sensación de hormigueo en la boca antes de la aparición de otros síntomas
• Lesiones de piel en las membranas mucosas de la boca que comienzan como una mancha o protuberancia roja y luego se convierten en una úlcera abierta. Las úlceras pueden ser simples o aparecer en grupos. Las úlceras son dolorosas y el centro aparece es de color blanco o amarillo con una textura fibrosa