Varios factores pueden causar estomatitis. Morderse la mejilla, llevar aparatos dentales o tener dientes afilados puede irritar las estructuras orales. La respiración crónica por la boca debido a la obstrucción de las vías respiratorias nasales puede causar sequedad de los tejidos, que a su vez conduce a la irritación. La causa de la estomatitis  herpética es el virus herpes tipo 1 (no confundir con el herpes genital, que es causada por el virus herpes tipo 2 y es una enfermedad de transmisión sexual). La causa de la estomatitis aftosa es desconocida, aunque se sospecha de varios factores. Puede haber una tendencia hereditaria a desarrollar aftas bucales y también puede haber un vínculo con el sistema inmunológico. Además, se puede desencadenar por estrés emocional, deficiencias nutricionales de hierro, ácido fólico o vitamina B12, alergias a los alimentos, menstruación o infecciones virales. Pueden ocurrir sin causa identificable.