La estomatitis causada por sustancias irritantes se puede prevenir con una buena higiene oral, visitas regulares al dentista y buenos hábitos alimenticios. Debido a que tantos adultos como niños son portadores del virus del herpes y como pueden contagiarlo incluso sin tener síntomas, no hay forma práctica de prevenirla. Los padres pueden, sin embargo, disuadir a sus hijos de besar, compartir comida o jugar en contacto cercano con personas que tienen una infección activa de herpes.

Las aftas pueden ser minimizadas enseñando a los niños a evitar traumas, incluso traumatismos menores, en la boca, como cepillos de dientes duros y alimentos duros. Si el médico ha determinado que el niño tiene una deficiencia nutricional, los padres pueden asegurarse que el niño tome los suplementos adecuados y comer los alimentos recomendados. También puede ser beneficioso evitar situaciones de estrés.