Antes del uso generalizado de vacunas, la bronquiectasia solía ser el resultado de una infección grave, bien por el sarampión o la tos ferina. Actualmente, los virus que causan la gripe o síndromes similares a la gripe y ciertas bacterias pueden preceder el desarrollo de una bronquiectasia. Los pacientes que han sido infectados con la tuberculosis o el virus que causa el SIDA (VIH), también tienen una mayor probabilidad de tener bronquiectasias.

Condiciones pre-existentes como trastornos de los cilios y del sistema inmune, pueden provocar que una persona sea más susceptible de lo normal a una infección y corra un mayor riesgo de desarrollar una bronquiectasia.

Los cilios son unos pelos diminutos que normalmente que cubren los tubos bronquiales. Los cilios se agitan constantemente, limpiando los tubos bronquiales de invasores bacterianos o virales y barriendo el exceso de secreciones (moco, esputo) que pueden ser producidas por los bronquios. Cuando estos cilios son anómalos o están ausentes al nacer, varios invasores bacterianos o virales pueden permanecer en el tracto respiratorio, multiplicarse y causar infecciones graves.

Entre los trastornos inmunológicos destacan la disminución de la producción de determinados productos químicos inmunes (inmunoglobulinas), que por lo general sirven para luchar contra la infección por invasión bacteriana o viral. Cuando no se produce suficiente cantidad de inmunoglobulinas, los invasores bacterianos y virales no se eliminan de forma eficaz y se produce la infección.

Otra causa de bronquiectasia es la obstrucción anómala de una vía aérea. Esto puede deberse al crecimiento de un tumor dentro del tubo bronquial o a la inhalación accidental de un objeto pequeño que a su vez bloquea el tubo bronquial. Las personas con la fibrosis quística suelen tener los bronquios obstruidos por el moco espeso y pegajoso, distintivo del trastorno. La exposición a productos tóxicos (respirar amoníaco, por ejemplo) puede dañar los bronquios y dar lugar a una bronquiectasia. Una respuesta alérgica extrema del sistema inmunológico por la presencia de ciertos hongos (especialmente uno llamado Aspergillus), también puede dañar los bronquios lo suficiente como para dar lugar a una bronquiectasia.