Generalmente el primer contacto del paciente es con un urólogo, que hace el diagnóstico de cáncer de pene. Una vez realizado el diagnóstico de cáncer, un oncólogo determinará la etapa del cáncer y recomendará los tratamientos adecuados.

–        Estadificación clínica, tratamientos y pronósticos

• Etapa I: Las células malignas se encuentran sólo en la superficie de la cabeza del pene (glande) y en el prepucio. Si el cáncer se limita al prepucio, el tratamiento puede incluir una escisión local amplia y la circuncisión. La escisión local amplia es una forma de cirugía que elimina sólo las células cancerosas y una pequeña cantidad de tejido normal alrededor de las células. La circuncisión es la extirpación del prepucio. Si sólo afecta al glande, el tratamiento puede implicar el uso de una crema de fluorouracilo y/o con microcirugía. La microcirugía elimina el tejido canceroso y la menor cantidad posible de tejido normal. Durante la microcirugía, el médico utiliza un instrumento especial que ofrece una visión completa de la zona donde se encuentran las células cancerosas y hace que sea posible determinar si se han eliminado todas las células malignas 
• Etapa II: El cáncer de pene se ha extendido a la superficie del glande, los tejidos debajo de la superficie y el eje del pene. El tratamiento recomendado puede ser la amputación total o parcial del pene (penectomía total o parcial). Si la enfermedad se diagnostica a tiempo, los cirujanos suelen ser capaces de preservar suficiente órgano para posibilitar la micción y la actividad sexual. El tratamiento también puede incluir la microcirugía y la radioterapia externa, en la que una máquina proporciona radiación a la zona afectada. La cirugía con láser es un tratamiento experimental para cánceres en estadio II. La cirugía con láser usa un haz intenso de luz dirigida de manera precisa para disolver o quemar las células cancerosas
• Etapa III: Las células malignas se han extendido a los ganglios linfáticos de la ingle, donde causan inflamación. El tratamiento recomendado puede incluir la amputación del pene y la extirpación de los ganglios linfáticos en ambos lados. También se puede sugerir la radioterapia. La enfermedad más avanzada requiere tratamientos sistémicos con quimioterapia, bien sea por vía intravenosa o por vía oral. Estos medicamentos entran al torrente sanguíneo y matan las células cancerosas que se hayan extendido a cualquier parte del organismo
• Etapa IV: La enfermedad se ha extendido por todo el pene y los ganglios linfáticos en la ingle o ha viajado a otras partes del organismo. Los tratamientos son similares a los de la etapa III

El cáncer de pene es una enfermedad recurrente que se repite en el pene o se desarrolla en otra parte del cuerpo después que el tratamiento ha conseguido erradicar las células de cáncer originales.

El índice de curación es alto para los cánceres diagnosticados en las etapas I o II, pero mucho más bajos para las etapas III y IV, ya que las células cancerosas se han diseminado a los ganglios linfáticos.