El principal síntoma de la fibromialgia es el dolor, que no se acompaña de trastornos objetivables en los tejidos. El dolor  permanente suele provocar cansancio intenso y deterioro de la calidad de vida del paciente. Las personas afectadas por fibromialgia presentan un umbral del dolor muy por debajo del existente en las personas que no padecen esta enfermedad.

El dolor es bastante generalizado, afectando por ejemplo,al cuello, los hombros, la espalda y los brazos. El dolor permanente altera el ritmo del ciclo sueño-vigilia provocando insomnio y trastornos psíquicos como sintomatología depresiva y ansiedad; también puede provocar rigidez en las articulaciones y sensación de hormigueo en diferentes partes del cuerpo (manos, pies, etc).

Los síntomas que presentan los pacientes, como hemos indicado, son muy diversos, pero como denominador común encontramos el dolor y la fatiga, que son sufridos por más del 90% de los pacientes. Por éstos y otros factores los pacientes se despiertan con una sensación de agotamiento a pesar de haber dormido un número de horas adecuado. 

Se está intentando establecer un sustrato común a todos los pacientes con fibromialgia explicable desde el punto de vista psicológico, debido a la falta de evidencias objetivas de alteraciones orgánicas que muestra la enfermedad. Las alteraciones psicopatológicas que presentan estos pacientes pueden variar en cada sujeto, por  lo que no se ha podido demostrar si dichos factores psicológicos son la causa o la consecuencia de la enfermedad.

Los trastornos que provoca la fibromialgia en el organismo  tienen un gran impacto en la calidad de vida de los pacientes, deteriorando los distintos ámbitos donde se desenvuelve la persona, tanto a nivel laboral, personal o social. En la exploración física del enfermo no se encuentra ningún hallazgo específico de fibromialgia, cursando el trastorno con síntomas poco específicos.

Existen algunos datos y estudios científicos que tratan de definir la etiología y los mecanismos patogénicos que intervienen en la génesis y evolución de la fibromialgia. Los estudios más recientes se basan en la posibilidad de localizar partes del genoma que condicionen al individuo a padecer la enfermedad.

En cuanto a los mecanismos patogénicos, se han investigado en varios campos: alteraciones musculares, disfunción del eje hipotálamo hipofisario adrenal y del sistema nervioso autónomo o procesos inflamatorios subyacentes, pero los datos más recientes sugieren que existe una alteración de los mecanismos de procesamiento del dolor probablemente debida a un desequilibrio en los neuromoduladores del sistema nervioso central que termina produciendo una mayor sensibilidad al dolor.