Las pruebas de laboratorio no garantizan un diagnóstico fiable de una candidiasis intestinal. La mayoría de las células de Candida se adhieren a la pared de la mucosa intestinal, por lo cual es difícil que aparezcan en análisis de heces y, en algunos casos, muchas de estas células mueren mientras el espécimen se transporta o durante la espera del análisis.

Es importante no descartar la enfermedad de candidiasis intestinal sólo por el hecho de que las pruebas de laboratorio resultan negativas. Es mejor basar el diagnóstico en una evaluación detallada del paciente: síntomas, historial clínico, análisis de su dieta, etc.