Hay varias causas de la encopresis. Las más comunes son:

• Estreñimiento: La mayoría de los casos de encopresis son resultado de un estreñimiento crónico. En el estreñimiento, las heces on duras, secas y pueden ser dolorosas de pasar. Como resultado, el niño deja de ir al baño, empeorando el problema. Cuanto más tiempo permanece la materia fecal en el colon, más difícil es para el niño empujar las heces hacia fuera. Los tramos de colon, en última instancia, afectan a los nervios señalan cuando es hora de ir al baño. Cuando el colon está demasiado lleno, heces suaves o líquidas pueden filtrarse. Las causas más comunes del estreñimiento incluyen comer muy poca fibra, no beber suficientes líquidos o consumir excesivos productos lácteos. A veces, un niño con intolerancia a la leche de vaca puede experimentar estreñimiento, aunque la intolerancia a la leche suele causar diarrea en vez de estreñimiento
• Problemas emocionales: El estrés emocional también puede desencadenar una encopresis. Un niño puede experimentar estrés por una prematura presión a utilizar el baño, o por un cambio importante en su vida, como el divorcio de los padres o el nacimiento de un hermano