Normalmente el tratamiento del hipotiroidismo es crónico.  El tratamiento hormonal sustitutivo consiste en administrar la hormona tiroidea, siempre bajo control médico. El tratamiento es por vía oral.

El hipotiroidismo subclínico se trata según criterio médico, requiriendo la realización de una serie de controles para vigilar la posible evolución a un hipotiroidismo manifiesto. Se debe prestar especial atención a ancianos, embarazadas, enfermos cardíacos y niños.

En pacientes de edad avanzada y/o pacientes cardiópatas el inicio del tratamiento con hormona tiroidea requiere una especial vigilancia por parte del médico.