La persistencia de los síntomas explicados más arriba puede dar lugar a las siguientes complicaciones:

• Esofagitis: es una inflamación de la mucosa esofágica debido a la irritación que produce el jugo gástrico refluido. Se distinguen cuatro grados de esofagitis (I a IV) según la intensidad de la misma. Produce junto a los síntomas anteriores dolor detrás del esternón al ingerir alimentos y puede originar pequeñas hemorragias, siendo una causa frecuente de anemia por pérdidas de hierro.
• Úlceras esofágicas pépticas: son heridas de la mucosa del esófago producidas por la agresión del jugo gástrico refluido y que causan un dolor similar al anteriormente descrito, pero más continuo y más intenso
• Estenosis esofágicas: son estrechamientos esofágicos producidos por la cicatrización de las úlceras y la persistencia de la esofagitis. Es menos frecuente.
• Metaplasia o esófago de Barrett: la zona de esófago continuamente irritada por el ácido gástrico en ocasiones acaba sufriendo una transformación premaligna que supone un riesgo de aparición de cáncer de esófago, lo cual requiere revisiones periódicas preventivas mediante exploración endoscópica.