El tratamiento depende del tamaño y la localización de los quistes, así como de los síntomas que producen. La extirpación quirúrgica de quistes y/o del tejido que los rodean es el método aceptado de tratamiento, pero conlleva un riesgo de ruptura del quiste con reacciones alérgicas o de difusión. Estudios recientes en los que se utilizan medicamentos junto con la aspiración y el drenaje de los quistes en lugar de la cirugía, son muy alentadores.

El medicamento albenzadole puede tomarse antes o después de la cirugía o solo sin cirugía. Sin embargo, todavía se desconoce su eficacia como tratamiento único. Suelen ser necesarios múltiples cursos del medicamento, con índices de curación de sólo un 30%. La respuesta al tratamiento es mejor controlado por tomografías computarizadas seriales o estudios similares de radiografías.