La vejiga es un órgano hueco y musculoso, con forma de globo, que almacena la orina hasta que está listo para vaciarla. En adultos, la vejiga se expande hasta que se completa y luego le indica al cerebro que es hora de orinar, a través de los nervios pélvicos. Esto crea la necesidad de orinar en la mayoría de la gente. Con la cistitis intersticial, estas señales de alguna manera se mezclan y se siente la necesidad de orinar con más frecuencia y con menor volumen de orina que la mayoría de la gente.

Es probable que muchas personas con cistitis intersticial también tengan un defecto en el revestimiento de protección (epitelio) de la vejiga. Una fuga en el epitelio, por ejemplo, puede permitir que las sustancias tóxicas en la orina irriten la pared de la vejiga.

Otros factores sugeridos, pero no probados, que pueden contribuir a la cistitis intersticial son una reacción autoinmune, la herencia, infecciones o alergias.