La enfermedad de Pompe infantil se diagnostica generalmente entre los dos y cinco meses de edad, cuando los síntomas comienzan a aparecer. El primer indicador de la enfermedad de Pompe infantil es la debilidad general y falta de tono (hipotonía) de los músculos esqueléticos, en especial los del tronco.

Un análisis de sangre llamado prueba de CK sérica es la prueba más utilizada para determinar si la degeneración muscular es la causa de la debilidad muscular observada. Se utiliza para descartar otras posibles causas de debilidad muscular, como problemas de nervios. Para determinar la concentración sérica de CK, se extrae sangre y se separa la parte que contiene las células del líquido restante (el suero). El suero se analiza por la cantidad de creatina quinasa (CK) presente. La creatina quinasa es una enzima que se encuentra casi exclusivamente en las células musculares y generalmente en bajas cantidades en el flujo sanguíneo. Una cantidad mayor de las normal de CK en el suero de sangre indican que la degeneración muscular está ocurriendo: las células musculares se rompen y se derrama su contenido, incluyendo la enzima creatina quinasa (CK), en el flujo sanguíneo. Las personas afectadas con la enfermedad de Pompe tienen niveles séricos de CK muy elevados. Los afectados con la enfermedad de Pompe infantil tienen niveles mucho más altos de CK en suero que los afectados con las formas de la niñez o la adulta.

Los niveles séricos de CK no se pueden utilizar para distinguir la enfermedad de Pompe de otras enfermedades por almacenamiento de glucógeno.