La posición del gen responsable de la enfermedad de Pompe se ha localizado en 17q23. La gravedad de los síntomas y la edad de inicio en individuos afectados han estado estrechamente ligadas a la mutación en esta posición. Se ha demostrado que se producen tres mutaciones específicas y un tipo de mutación adicional en el gen responsable de la enfermedad de Pompe. Cada una está asociada con diversos síntomas.

Un gen es un segmento particular de un cromosoma particular. Sin embargo, en el segmento que contiene un gen particular, hay dos tipos de zonas: intrones y exones. Los intrones son secciones del segmento que no participan activamente en el funcionamiento del gen. Los exones son las secciones que participen de forma activa. Un gen típico consta de varias áreas que son exones dividido en varias áreas de intrones.

Una mutación en el gen responsable de la producción de maltasa ácida es una supresión del exón 18. Una segunda mutación en el gen responsable de la producción de maltasa ácida es la supresión de un par de exón 2 de una sola base. Ambas mutaciones se asocian con la completa incapacidad de la persona afectada para producir maltasa ácida. Los individuos con estas mutaciones siempre se verán afectados por la enfermedad de Pompe infantil (tipo a).

La tercera mutación en el gen responsable de la producción de maltasa ácida es una mutación compleja dentro de un intrón que causa la exclusión del exón 2. Esta mutación no suele ser completa en todas las copias del gen de un individuo, por lo que se asocia con una capacidad parcial de la persona afectada para producir maltasa ácida. Las personas con esta mutación se verán afectados, ya sea con el tipo b de la enfermedad o más comúnmente con el tipo c de adultos. De hecho, más del 70% de las personas afectadas con la enfermedad de Pompe de adultos poseen esta mutación particular.

La última clase de mutación conocida que se produce en el gen responsable de la producción de maltasa ácida es sin sentido en varios lugares de los diferentes exones. El sin sentido es la alteración de una sola secuencia de codificación (codón) que codifica para un sólo aminoácido que se utiliza para construir la proteína precursora de la molécula de maltasa ácida. Estas mutaciones sin sentido por lo general evitan la producción de maltasa ácida y producen la enfermedad de Pompe infantil (tipo a).

Las mutaciones exactas responsables del otro 30% de los casos del tipo c y el resto del tipo b  aún no han sido determinadas.