Un quiste mucoso se suele ignorar, pues tiende a romperse de manera espontánea. La apertura de la parte superior del quiste con una aguja estéril ayuda a que desaparezca. Si el quiste reaparece, es posible que tenga que ser extirpado.

Para prevenir la infección y el daño a los tejidos, la apertura del quiste no lo debe realizar  el médico. Un cirujano y en algunos casos un odontólogos pueden extirpar fácilmente las lesiones en caso de que continúen siendo molestas.