Las causas de la queratitis son:

• Lesiones: Si un objeto rasca la superficie de o penetra en la córnea, se puede producir una queratitis no infecciosa. Además, una lesión puede permitir que las bacterias o los hongos accedan a la córnea a través de la superficie dañada, causando queratitis infecciosa
• Lentes de contacto contaminadas: Las bacterias, hongos o parásitos (en particular la Acanthamoeba, un parásito microscópico) pueden estar en la superficie de una lente de contacto y contaminar la córnea, produciendo una queratitis infecciosa
• Virus: Los virus como el virus del herpes y el virus que causa la clamidia pueden causar queratitis
• Agua contaminada: Las bacterias y los hongos en agua (particularmente en océanos, ríos, lagos y bañeras de agua caliente) pueden entrar en los ojos y producir queratitis. Incluso si está expuesto a estas bacterias y hongos, una córnea sana es poco probable que se infecte a menos que haya habido algún rasguño en el tejido de la delicada superficie de la córnea (epitelio de la córnea). Por ejemplo, la desintegración física del epitelio corneal puede deberse al uso de una lente de contacto demasiado tiempo, lo que hace vulnerable a la córnea de una queratitis infecciosa