Las bacterias que causan la mastoiditis son los más comúnmente asociados con la otitis media aguda. Estas incluyen las siguientes:

• Streptococcus pneumoniae
• Haemophilus influenzae
• Staphylococcus aureus
• Pseuodomonas aeruginosa
• Klebsiella
• Escherichia coli
• Proteus
• Prevotella
• Fusobacterium
• Porphyromonas
• Bacteroides

Organismos Gram-negativos se encuentran con mayor frecuencia en la mastoiditis crónica y en niños pequeños, que puede ser debido al tratamiento antibiótico prolongado.