La combinación de una serie de factores provoca una agresión continua en la piel que termina produciendo una alteración de la barrera cutánea, con áreas rojas en las zonas de mayor contacto con el pañal, que pronto se erosionan y se sobre-infectan por bacterias o, más frecuentemente, por un hongo llamado Candida albicans.

Como primera causa de esta dermatitis encontramos el exceso de humedad y fricción de esta zona que lleva a la maceración de la piel. En esto intervienen el contacto prolongado con la orina y las heces, la temperatura elevada de la zona, las enzimas fecales, detergentes potentes, antisépticos, bacterias y hongos. Como resultado aumenta el pH de la piel, con ello se activan unas enzimas, la lipasa y proteasa fecales, irritando la piel.

Otro de los factores que pueden influenciar la aparición de estas lesiones es la alimentación. Se ha demostrado que los bebes alimentados con lactancia materna presentaban un ph fecal menor y por lo tanto la acción irritativa también es menor, disminuyendo la incidencia de la dermatitis del pañal.