La endocarditis generalmente es provocada por una infección en la sangre. Las bacterias u otra sustancia infecciosa pueden entrar en el torrente sanguíneo durante ciertos procedimientos médicos, incluyendo procedimientos dentales, y viajar al corazón donde se pueden establecer en las válvulas cardíacas afectadas. Las bacterias pueden proliferar y formar coágulos infectados que se desprenden y viajan al cerebro, los pulmones, los riñones o el bazo.

La mayoría de las personas que desarrollan endocarditis infecciosas tienen una enfermedad del corazón subyacente o problemas en las válvulas.

Sin embargo, un microorganismo que comúnmente se encuentran en la boca, el Streptococcus viridans, es responsable de aproximadamente el 50% de los casos de endocarditis bacteriana. Esta es la razón por la que los procedimientos dentales aumentan las probabilidades de desarrollar esta afección. Tales procedimientos son especialmente riesgosos para niños con cardiopatías congénitas. Como resultado, es una práctica común que los niños con algunas formas de cardiopatía congénita y adultos con ciertas condiciones de la válvula de corazón  tomen antibióticos antes de cualquier trabajo dental.

Otros culpables comunes son el Staphylococcus aureus y el enterococo. El Staphylococcus aureus puede infectar las válvulas cardíacas normales y es la causa más común de endocarditis infecciosa en consumidores de drogas por vía intravenosa.

Otras causas menos comunes de la endocarditis infecciosa son pseudomonas, serratia y Candida.

Los siguientes factores incrementan las probabilidades de desarrollar endocarditis:

• Válvulas artificiales del corazón
• Enfermedad cardiaca congénita (comunicación interauricular, ductus arterioso persistente y otros)
• Problemas en las válvulas del corazón (como insuficiencia mitral)   

Los consumidores de drogas por vía intravenosa también corren el riesgo de esta condición, ya que las agujas no estériles pueden hacer que las bacterias entran al torrente sanguíneo.