El diagnóstico y el tratamiento pueden requerir de un especialista en enfermedades tropicales, porque la enfermedad puede confundirse con la malaria o la fiebre tifoidea en las primeras etapas. El profesional médico debe realizar un historial completo de los viajes a las zonas endémicas. La erupción, si está presente, puede imitar la sarna u otras erupciones y los síntomas gastrointestinales se pueden confundir con los causados ​​por enfermedades bacterianas u otros parásitos intestinales. Estas otras condiciones tendrán que ser descartadas antes de realizar un diagnóstico preciso. Como resultado, para un diagnóstico de esquistosomiasis aguda es necesario realizar pruebas clínicas de la exposición al agua infectada, junto con los hallazgos físicos, una prueba negativa para la malaria y un aumento del número de un tipo de célula inmune, llamados eosinófilos.

Los huevos se pueden detectar en las heces o la orina. Las pruebas de heces pueden ser necesarias para concentrar e identificar los huevos. Los análisis de sangre se pueden utilizar para detectar un antígeno en particular o partículas asociadas con el esquistosoma que inducen a una respuesta inmune. Las personas infectadas con esquistosomiasis pueden no dar positivo en las pruebas durante seis meses y como resultado, puede ser necesario repetir las pruebas para obtener un diagnóstico preciso. La sangre se puede detectar visualmente en la orina con tiras o químicos que reaccionan a pequeñas cantidades de sangre.

Las técnicas sofisticadas de imagen, como ecografías, tomografías computarizadas y resonancias magnéticas, pueden detectar el daño a vasos sanguíneos en el hígado y visualizar pólipos y úlceras en el tracto urinario que se producen en las etapas más avanzadas. El S. haematobium es difícil de diagnosticar con ecografía en mujeres embarazadas.