El diagnóstico de hipotiroidismo primario se confirma mediante la demostración de la disminución de los niveles séricos de hormona tiroidea (T4 total o libre) y de niveles elevados de hormona estimulante del tiroides.

Si se sospecha de hipotiroidismo materno mediado por anticuerpos, los anticuerpos antitiroideos maternos y neonatales pueden confirmar la diagnosis. Tales anticuerpos son una causa infrecuente de la sífilis congénita.

Los niveles de globulina fijadora de tiroxina pueden medirse en recién nacidos con sospecha de deficiencia de globulina fijadora de tiroxina. Esta condición no requiere tratamiento, pero el diagnóstico adecuado y asesoramiento a los padres puede evitar posteriores confusiones y errores de diagnóstico.

Las pruebas de laboratorio de rutina en pacientes con deficiencia de globulina fijadora de tiroxina muestra un nivel bajo de T4 total y un nivel de hormona estimulante del tiroides dentro del rango de referencia. T4 libre y T3 están dentro del rango de referencia. El síndrome nefrótico congénito es una causa poco frecuente de la deficiencia de globulina fijadora de tiroxina o de hipotiroidismo congénito.

Los resultados de laboratorio similares a bebés con deficiencia de globulina fijadora de tiroxina pueden encontrarse en infantes que tienen hipopituitarismo o enfermedad hipotalámica, pero estos niños tienen niveles normales de globulina fijadora de tiroxina.

–        Pruebas de imagen

El barrido de tiroides (con tecnecio-99m o yodo-123) puede ser útil en la definición de la causa del hipotiroidismo y puede ayudar en el asesoramiento genético. Puede ayudar a distinguir el hipotiroidismo congénito transitorio de la hipertirotropinemia. La ausencia de captación de radionúclidos sugiere hipotiroidismo atireótico esporádico, pero también puede ser visto cuando la absorción es bloqueada por el exceso de yoduro o anticuerpos antitiroideos bloqueadores de los receptores. Si no se encuentra en la captación de isótopos de exploración, la ecografía tiroidea puede demostrar tejido tiroideo en estos pacientes.

Los escáneres de tiroides también puede demostrar la presencia de un tiroides ectópico, como una glándula lingual o sublingual, que también es esporádica. La presencia de una tiroides bilobulada en la posición adecuada o un bocio sugiere o un error innato de la producción de hormonas tiroideas o hipotiroidismo transitorio o hipertirotropinemia transitoria. La exploración de tiroides no obliga ni confirma el diagnóstico de hipotiroidismo congénito, pero puede proporcionar información importante sobre la etiología.

La ecografía puede ser una alternativa razonable o añadida a la gammagrafía, pero puede no revelar algunas glándulas ectópicas.

Una radiografía lateral de la rodilla se puede pedir para buscar la epífisis femoral distal. Este centro de osificación aparece en la gestación aproximadamente a las 36 semanas. Su ausencia en un recién nacido a término o postérmino indica efectos prenatales de hipotiroidismo y antes de la introducción de medidas de la hormona, se utilizaba como prueba de diagnóstico para el hipotiroidismo congénito.

–        Otras pruebas

El cribado de hipotiroidismo neonatal utilizando niveles de hormona estimulante de la tiroides ha demostrado su utilidad en países con poca o ningún deficiencia de yodo. No se ha encontrado útil en países con un nivel moderado a grave de los trastornos por carencia de yodo.

En recién nacidos con sospecha de dishormonogénesis, la captación de yodo radiactivo (yodo-123) y las pruebas de perclorato al ras (KCIO2) se pueden realizar para determinar la presencia de una captación de yoduro o defecto de organificación.