La causa más común de fiebre aftosa es la infección por el virus Coxsackie A16. El virus Coxsackie pertenece a un grupo de virus llamados enterovirus non-polio. Otras veces los enterovirus causan la fiebre aftosa.

La ingestión oral es la principal fuente de infección por virus Coxsackie y la fiebre aftosa. La enfermedad se propaga por contacto de persona a persona por secreciones de la nariz y la garganta, saliva, líquido de las ampollas o las heces de una persona con la infección. El virus también puede propagarse a través del aire cuando alguien tose o estornuda.

La fiebre aftosa es más común en niños que acuden a guarderías debido a los frecuentes cambios de pañal y entrenamiento para ir al baño y porque los niños pequeños se llevan las manos a la boca.

A pesar de que el niño es más contagioso durante la primera semana de la enfermedad, el virus puede permanecer en su cuerpo durante semanas después que los signos y síntomas hayan desaparecido. Esto significa que el niño todavía puede infectar a otras personas.

Algunas personas, especialmente adultos, pueden transmitir el virus sin mostrar ningún signo o síntoma de la enfermedad.

Los brotes de la enfermedad son más comunes en verano y otoño y en climas templados. En climas tropicales los brotes se producen durante todo el año.

La fiebre aftosa no está relacionada con la fiebre aftosa que se encuentran en los animales de granja.