La complicación más común de la fiebre aftosa es la deshidratación. La enfermedad puede causar llagas en la boca y la garganta, haciendo que tragar sea doloroso y difícil. Debe vigilar  muy de cerca al niño y asegurarse que consume las cantidades adecuadas de líquidos durante el curso de la enfermedad. Si la deshidratación es severa, puede ser necesario administrar fluidos por vía intravenosa.

La fiebre aftosa es generalmente una enfermedad leve que causa pocos días de fiebre y signos y síntomas relativamente leves. Sin embargo, una forma rara y grave del virus Coxsackie algunas veces puede afectar el cerebro y causar otras complicaciones:

• Meningitis viral: Esta es una infección e inflamación de las membranas (meninges) y el líquido cefalorraquídeo que rodea el cerebro y la médula espinal. La meningitis viral generalmente es leve ya menudo desaparece por sí sola
• Encefalitis: Esta enfermedad grave y potencialmente mortal consiste en la inflamación del cerebro causada por un virus. La encefalitis es rara