En caso de gastrosquisis, el niño suele nacer en un hospital con una unidad de cuidados intensivos neonatales. Si otros órganos del bebé están lo suficientemente maduros, el niño suele nacer a las 36 semanas, a menudo mediante una cesárea. Al nacer, los bebés con gastrosquisis mueren si no se realiza una cirugía correctiva inmediata y si no reciben atención hospitalaria intensiva. El lactante recibe líquidos por vía intravenosa y el contenido intestinal intacto se coloca temporalmente en una película de plástico que se aferra quirúrgicamente adjunta al estómago del bebé. La película de plástico ayuda a prevenir la infección, la pérdida de calor y la deshidratación.

Si el derrame y la fisura e intestinal son de pequeñas a medianas, los intestinos se vuelven a insertar en la cavidad abdominal y la fisura se cierra quirúrgicamente a las 12-24 horas del nacimiento. Si la fisura es grande o complicada, entonces el procedimiento puede ocurrir en etapas a lo largo de varios días. Una bolsa de silastic (silicona plástica llamada silo) se utiliza para devolver gradualmente el intestino a la cavidad abdominal en cada etapa. Por último, el silo se retira y se cierra la piel quirúrgicamente.

Aproximadamente el 48% de los bebés con gastrosquisis son pequeños para la edad gestacional. Durante el período de recuperación los bebés reciben nutrición e hidratación por vía intravenosa. Una vez que los intestinos son capaces de recibir alimentos, los niños pueden comenzar la lactancia o la alimentación con biberón. La alimentación normal por lo general comienza a la cuarta semana desde la fecha de nacimiento. Sin embargo, algunos bebés con gastrosquisis presentan complicaciones que requieren meses de alimentación intravenosa. Los bebés son dados de alta del hospital una vez que se logra aumento de peso suficiente y son seguidos de cerca durante varios meses.