El aspecto más importante del diagnóstico es distinguir entre el granuloma inguinal y otras enfermedades de transmisión sexual, sobre todo porque muchos pacientes están infectados con más de una enfermedad de transmisión sexual. Los médicos recomiendan que los pacientes que hagan la prueba de granuloma inguinal realicen también una prueba de sangre para la sífilis. Además, el médico tendrá que distinguir entre el granuloma inguinal y ciertos tipos de cáncer de piel, amebiasis, infecciones fúngicas, bacterianas y otras úlceras. La característica más importante que diferencia al granuloma inguinal es la úlcera de la piel, que es más grande que en la mayoría de otras enfermedades, indolora, de forma irregular y es probable que sangre al tacto.

El diagnóstico del granuloma inguinal se hace mediante la búsqueda de cuerpos de Donovan en muestras de tejido de la piel del paciente. Los cuerpos de Donovan son organismos ovales en forma de bastón que aparecen dentro de las células del tejido infectado. El médico obtiene una muestra de tejido o corta un trozo de tejido del borde de una úlcera de la piel con un bisturí o tomando una biopsia en sacabocados. Para hacer una biopsia en sacabocados, el médico inyecta un anestésico local en una zona ulcerada y extrae un trozo de piel con una punción quirúrgica de la piel. La muestra de tejido se seca al aire y se tiñe con tinción de Wright, una sustancia química que hará que los cuerpos de Donovan se muestren como  imperdibles de color púrpura oscuro con el interior más claro.