La hernia diafragmática congénita es un trastorno muy grave. El resultado de la cirugía depende de cómo se hayan desarrollado los pulmones del bebé. Por lo general, las perspectivas son muy buenas para bebés con suficiente tejido pulmonar.

Con los avances en la atención neonatal y quirúrgica, la supervivencia es ahora superior al 80%.