El aparato urinario incluye los riñones, los uréteres, la vejiga y la uretra. Todos ellos desempeñan un papel en la eliminación de los residuos del organismo. Los riñones van a filtrar los desechos de la sangre regulando la concentración de muchas sustancias. 

La cistitis bacteriana suele ocurrir cuando las bacterias que están fuera del cuerpo entran en el tracto urinario a través de la uretra y comienzan a multiplicarse. 

El tracto urinario posee una serie de mecanismos de defensa naturales contra las infecciones, y además, la orina, por su carácter ácido, tiene un efecto bactericida (destructor de las bacterias) y destructor de otros gérmenes como los virus. No obstante, pese a estos mecanismos defensivos, a veces las condiciones del germen, la disminución de defensas del paciente y otras circunstancias favorecen que se produzca la cistitis.

Las mujeres sexualmente activas son particularmente vulnerables a contraer una cistitis de origen infeccioso debido a que la longitud del tracto urinario de las mujeres es más corto que el de los varones y a las circunstancias propias de la relación sexual. Durante la actividad sexual, las bacterias pueden introducirse en la vejiga a través de la uretra. Es frecuente que las cistitis de estas características se produzcan por Escherichia coli, bacteria que se encuentra de forma habitual en la zona genital. 

Los dos principales tipos de infecciones bacterianas de la vejiga son:

• Cistitis adquiridas en la comunidad: se da en personas no institucionalizadas, es más frecuente en mujeres con una edad comprendida entre los 20 y los 50 años, es menos común en los hombres de la misma edad
• Cistitis adquiridas en el hospital (nosocomiales): estas infecciones las padecen personas ingresadas en un centro asistencial, como un hospital o una residencia. Es frecuente en personas que tiene o han tenido colocada una sonda o un catéter vesical.