La complicación más frecuente de la apendicitis es la perforación. La perforación del apéndice puede dar lugar a un absceso con acumulación de pus en su interior. La otra gran complicación es la peritonitis, que es la infección del tejido que recubre el abdomen y la pelvis (peritoneo).

La razón principal de la perforación apendicular es el retraso en el diagnóstico y tratamiento. En general cuanto mayor sea la demora entre el diagnóstico y la cirugía más probable es la perforación. 

El riesgo de perforación de 36 horas después del inicio de los síntomas es como mínimo de un 15%. Por lo tanto, una vez que se diagnostica la apendicitis la cirugía debe llevarse a cabo sin demoras innecesarias.

Una de las complicaciones menos comunes de la apendicitis es la obstrucción del intestino. Ésta puede producirse cuando la inflamación que rodea el apéndice hace que el músculo intestinal deje de trabajar impidiendo que el contenido intestinal circule. Como consecuencia el intestino por encima de la obstrucción comienza a llenarse de líquido y gas, provocando malestar general distensión del abdomen, náuseas y vómitos.

En estos casos puede ser necesario vaciar el contenido del intestino a través de un tubo o sonda introducida por la nariz y el esófago hasta el estómago y la zona dañada. Otra complicación grave de la apendicitis es la sepsis, trastorno en el cual los gérmenes del intestino entran en la sangre y viajan a otras partes del cuerpo.